特権モードを有効にしていない場合、Container Station内でDockerやその他の類似プログラムを実行してコマンドを実行しても、QNAP QTSシステムが再起動することはありません。これは私自身のテストで確認済みです。
先ほどご指摘の状況は、特権モードを有効にしたことが原因である可能性が高いです。これらはすべてDockerの技術と設計の一部であり、通常のサーバーでのデプロイと挙動を比較することもできます。