Aplikasi Container/Portainer tiba-tiba tidak terdeploy dengan benar.

Itu hanyalah filesystem kontainer. Seperti, kamu perlu menemukan path yang benar, tapi CS tidak membuat image truecrypt dan menyembunyikan semua data kamu.
Isi filesystem kontainer SimpleHelp kamu hanya berupa data mentah yang berada (sepertinya) di container-station/docker/volumes/.
Attach ke kontainernya, ls -l /, cari struktur file tersebut di direktori instalasi CS qpkg.