QNAPから返信がありました。バグだそうです。
お客様へ
現時点ではお客様による対応は必要ありません。
/etc/default_config/uLinux.confから/etc/config/uLinux.confへエントリを手動でコピーする必要もありません。システムがこれらの設定ファイルを自動的に管理します。前述の通り、Container Station QPKG は誤って
/etc/config/uLinux.confから値を読み取っていましたが、本来は/etc/default_config/uLinux.confから読むべきでした。この問題の修正は Container Station 3.1.4 のリリースに含まれる予定です。そのため設定ファイルはシステムが適切に管理するようになり、手動で編集や同期する必要はありません。
ご理解いただきありがとうございます。
ということで、私は /etc/config/uLinux.conf を初期化し、次回の Container Station のリリースを待つことにします。
総合的に、QNAP のサポートはとても良いと感じています。問い合わせも真剣に対応してくれます。