この質問は少なくとも最初は脇に置いておきたくなります。というのも、あなたが説明しているのは、時間の経過とともにパフォーマンスが低下したという問題だからです。互換性の問題は（少なくとも私が知る限り）もっとバイナリな性質のもので、動くか動かないかのどちらかです。あなたの問題の説明からすると、互換性が根本原因であるとは考えにくいです。
「何が問題で」「何が問題でないか」というあなたの説明にもう一度焦点を当てたいと思います。
もう少し範囲を絞ってみましょう…
- ネットワーク上に他のNASやサーバーデバイスがあり、クライアントをそれらでテストできる場合、問題が特定のデバイスにあると断言できますか？
- 再現可能で客観的な速度テストを行えるようなテストを設定できますか？例えば、Windowsのシェルスクリプトでタイマーをゼロにし、NASからホストへ（またはホストからNASへ）1つ以上のファイルをコピーし、所要時間を記録することができます。これをシンプルなシェルスクリプトとして用意し、異なるホストや異なるタイミングで客観的に繰り返せると非常に役立ちます。
- デバイスは何らかのネットワーク機器を介して接続されているはずで、ワークステーションとNASの間に1つ以上のイーサネットスイッチがあるかもしれません。ここでいくつか確認事項があります。まず、クライアントマシンを物理的にNASと同じ場所に移動し、テストを再実行して中間のネットワーク機器をすべて排除できますか？次に、ネットワーク機器はマネージドですか、それともアンマネージドですか？前者なら、SNMPワークステーションがあればネットワーク機器からパフォーマンス指標を取得できるかもしれません。
- QNAP NAS上で、SSH経由で「ethtool」を実行してみてください。コマンドラインオプションの意味や使い方はGoogleで調べられます。WindowsではPowershellの「Get-NetAdapterStatistics」を使い、ワークステーションのネットワークアダプタのパフォーマンスを確認できます。
- すでに述べましたが、ホスト間でCIFS以外のプロトコルをテストできると役立つと思います。NFSを推奨します。NASをNFS接続要求に対応するよう設定し（バージョン設定も正しく）、テストしてみてください。無理ならftpやsftpの利用も検討してみてください。
- 6つ目は明白な点、つまり「変更」です。問題が長期間正常に稼働した後に発生したという事実は、何かが変わったことを強く示唆しています。組織の規模や技術変更の管理体制については説明されていませんが、主たる関心領域とは直接関係のない何かが原因となっている可能性もあります。変更履歴を確認したり、環境管理者に相談したりしてみてください。
- 7つ目は信頼性です。NAS自体は基本的に「動くか動かないか」ですが、例えばハードディスクに不良がある可能性はありませんか？NASがハードディスクの問題を検出した場合、外部にアラートを送信するよう設定されていますか？S.M.A.R.T.監視で正常と判定されていますか？
- 8つ目はネットワーク利用率です。ネットワーク上で他の何かが帯域を大量に消費し、NASがパケットを送信できない状況になっていませんか？このため、最初にクライアントワークステーションとNASを物理的に近づけ、2台だけをスイッチに接続してパフォーマンステストを再実行するのが良いと思います。それでも失敗するなら、どちらかのデバイスに問題があると分かります。うまくいけば、今度はワークステーションを徐々に離していき、どこでパフォーマンスが低下するかを「逆追跡」できます。
- ここからはより特殊な原因の可能性です。例えば「Remote File Dirt Page」しきい値など、ワークステーションのパフォーマンスを確認しましたか？これが今回のような問題を引き起こすことがあります。基本的に、Windowsクライアントには「ダーティ」かつ「未保存」データ用のデフォルトバッファ（通常5GB程度）があり、このしきい値を超えると、システムはディスクへの書き込みが終わるまで新たなデータの受信を停止します。レジストリの「RemoteFileDirtyPageThreshold」パラメータ（Googleで調べてください）をテストの前後で調整し、違いが出るか確認できます。
- まだ試していなければ、ぜひMicrosoftサポートコミュニティにも質問してください。規模が大きく（当然ですが）、同様の事例を見たことがある人がいるかもしれません。
上記はやや散発的なアプローチになってしまいましたが（一応論理的な順序でテストを並べたつもりです）、すべてをそのまま実施できなくても、何かヒントになるアイディアが得られれば幸いです。