貴重なご意見ありがとうございます。
まさに求めていた回答でしたので大変ありがたく思っています。
ひとまずNAS再起動でログインできるようになったタイミングで同期停止できるか確認しつつ、難しい場合はご提案いただいた手順で試してみようと思います。
今回は同期元（複数ファイルあり）から同期先（空のファイルのみ）の状態から片方向ミラーリングで即時同期を始めたので、大量ファイルのアップロードでネットワークに負荷がかかりすぎたのかもと心配しておりました;;
通常はそれほどパフォーマンスがでるわけでないという印象とのことですので、別の原因も確認してみようと思います。