Proxmoxから移行してきた者として、QNAPのネットワーク設定には少しイライラさせられています…
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QNAPの単一NIC構成（例：TS-462a）では、ネイティブネットワーク用のスイッチを作成すると他のVLAN用のスイッチを追加できなくなります。
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単一NIC構成ではサービスバインディングを有効にできませんが、異なるVLAN上のvSwitchでサービスバインディングができるのは理にかなっています。
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サービスバインディングは物理NICごとに有効化されますが、異なるVLAN/スイッチでのバインディングは個別のサービス設定（例：SMB）内に隠れています。
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「Software defined switch」はIT業界では全く別の意味ですが、あなたが言いたいのはプライベート／内部スイッチのことですよね？
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VLAN設定はNIC設定よりもvSwitch設定への統合のほうが良いと思います。
参考までに（私は元ITシステム管理者なので…）コアシステムはデフォルトの管理VLAN上に配置し、ユーザーデバイスやゲストデバイスは別のVLAN上にしています。たとえば、家庭内のユーザーはWindowsやMacの共有が見えるけど、ゲストユーザーは何でも見える…みたいな感じです。
要するに、vSwitchはもうちょっと磨きをかけたほうが良いと思います。