rsyncサーバーがバックアップを保存するための特定の共有フォルダーを設定することを提案します。
ftpサーバーのルートディレクトリを設定する方法と同様です。
これがないと、QNAP rsyncサーバーに接続した際に、任意の共有フォルダーへ自由にアクセスできてしまうリスクがあります。
rsyncを使ってバックアップを行うことを非管理者にも許可していますか？rsyncアクセスやHBSアクセスは管理者のみに制限すべきです。そうすれば、この問題について心配する必要はありません。
また、誰にもこのアカウントとパスワードを渡さない限り、rsyncサーバーへのアクセスはできません。
これは管理者用のものです。
さて、さらに調べてみたところ、rsyncを使ってどのユーザーでもNASにデータを同期できる方法を探しているのだと思いますが、違いますか？つまり、どのユーザーにも全てのフォルダーを見せたくないということですね。なるほど、それは理解できます。その場合は、Qsyncのようなものを使った方がうまくいくかもしれません。Qsyncなら、ユーザーごとにローカルフォルダーとNAS上のアクセス権のあるフォルダーをペアリングできます。
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さらに一歩踏み込んでみます……
どうやらQNAPのrsync実装はSSHを使用していないようです。私のMacの1台から同期を試みましたが、うまくいきませんでした。ただし、NASに接続して@Vlad21さんが言及していたフォルダを確認することはできました。今では、rsyncでファイルを同期したいユーザーにとってこれは問題だと同意します。
しかし、「1つのフォルダ」と単一の管理者ユーザーの代わりに、私が提案したいのは、どのQNAP NASユーザーでも自分のログイン認証情報を使ってrsyncを利用できるようにすることです。そうすれば、ユーザーは自分がアクセス権を持つものだけを見ることができます。現状、私たちはこのような問題を抱えています：
QNAPは、クライアントに関係なくローカルNASアカウントでのログインを許可すべきだと思います。それがこの問題に対する最適な解決策だと考えます。@Vlad21さん、あなたも同意しますか？それとも、選択可能な1つのフォルダを持つ単一のrsyncユーザーをまだ希望しますか？
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rsyncが単体であれば、皆さんに同意します。
しかし、この場合はバックグラウンドでHBS3の転送メカニズムとして使用されているため、何らかの変更を加えるべきだとは思いません。
rsyncにもっと多くの機能を求めるのであれば、ご自身で単体バージョンを実行してください 
つまり、HBSはバックグラウンドでrsyncを使って動作しているということですか？それは確かな情報ですか？では、RTRRもrsyncを使っているのでしょうか？
それでも、なぜローカルユーザーアカウントがQNAP NAS以外のデバイスからサインインできないのか、私にはよく分かりません。でも、まあ、私が知らないだけかもしれませんね。あなたの言う通り、面倒な問題なのかもしれません。
でも、@dosborne さんの指摘は確かに一理あります。投稿者（OP）はコンテナ内にrsyncサーバーを立てて、好きなようにアクセス制御をすることもできますね…
QNAP NASの任意のユーザーが自分のログイン認証情報を使ってrsyncを利用できるようにするのは、私の考えでは非常に良いアイデアです。
それでは、問題はHBSの基盤となるアーキテクチャがそのようなオプションを許容するかどうかという点になります。それについては私も分かりません。確かにQNAPが検討できることではありますね。この件についてあなたに一票入れておきます。
さて、その間に、ご自身でコンテナ内にrsyncサーバーをセットアップすることをお勧めします。そうすれば、誰が何にアクセスできるかを完全にコントロールできます。