@Takuya さん
こちら手元で動作を眺めていて、
・ローカルフォルダの場合は自動同期が実行される
(ローカルの自動同期対象フォルダにエクスプローラなどで写真を追加すると、FenrirFS上でも自動的に追加したファイルの情報が追加される)
・ネットワークフォルダの場合はリアルタイムでに自動同期はされず、プロファイル切り替え時など限定的に同期される。
という感じでした。
私の手元で見ている限り、おそらくですが、FenrirFS内で使用しているAPIがローカルフォルダにのみリアルタイムでの更新検知が可能といったような制限があるのではないかと思います。
一度フェンリル社にもお問い合わせしてみてはいかがでしょうか？
(逆に、更新させるためにプロファイルを切り替える、といった運用が許容できるようであれば、それでも良いかと思います。)